Alrededor de la Casa Principal encontramos árboles centenarios: un Samán, una Ceiba y dos tamarindos. Estos últimos son los más mencionados por la tradición histórica porque en medio de ellos colocaron la hamaca del Libertador cuando llegó a la hacienda; estas especies de árboles, acompañada de la variada flora y fauna presentes en la hacienda, constituyen la colección viva del Jardín Botánico Quinta de San Pedro Alejandrino, el cual se extiende sobre la totalidad de su área, con especies de plantas pertenecientes al bosque seco tropical de nuestra región.
En el Jardín Botánico encontramos diferentes colecciones de plantas entre las cuales podemos mencionar las cactáceas, palmetum, ornamental, xerofítica, y maderables entre otras.
Al desplazarnos del sector antiguo al sector moderno podemos observar parte de la fauna existente en el Jardín Botánico Quinta de San Pedro Alejandrino, especies propias de la región Caribe tales como la Iguana, estas se encuentran principalmente sobre los árboles centenarios y sobre los diferentes parches boscosos de la hacienda, tiene como nombre científico Iguana iguana, y pertenece a la familia de los Iguánidos, son reptiles altamente conocidos por sus impresionantes exhibiciones, rituales de cortejo y defensa, en los que efectúan movimientos levantando el cuerpo y agitando la cabeza con vigor de arriba a abajo. Alcanzan alrededor de 1,8 m de longitud, tienen el cuerpo aplastado y una hilera de espinas correosas que va desde el cuello hasta la cola, la cual, larga y poderosa, suele ser ligeramente aplanada. Cuenta con párpados, grandes tímpanos auditivos externos, bolsas o papadas en la garganta y cinco dedos en cada pata que terminan en garras afiladas. Esta especie se encuentra actualmente amenazada por el consumo indiscriminado de su carne y sus huevos.
Es común también encontrar en árboles de la hacienda la ardilla coliroja; esta se alimenta de material vegetal (sobre todo frutos y semillas), su hábito de almacenar comida para el invierno ayuda a la propagación de plantas y árboles. Las ardillas son muy sensibles a los cambios de temperatura, permanecen inactivas en climas cálidos cuando las temperaturas son elevadas, y las que viven en climas más fríos hibernan, aunque las ardillas arborícolas nunca lo hacen.
De las diferentes especies de aves que podemos observar en el Jardín Botánico Quinta de San Pedro Alejandrino encontramos: el loro verde, bicho fue, toches, canarios, barranqueros, soldaditos, cocineras, maría lucias, carpinteros jabao, buhios, chulos, gavilanes pío pío, Chupa huevos, Sangre e toro, colibríes, pericos, torcazas, Chicha frías, tierralitas, palomas columbinas, garza blanca, entre otras.
Cabe señalar que otras de las especies fáunicas dominantes y existentes en este lugar son reptiles como los lagartos azules llamados lobos polleros, así mismo encontramos dentro de este grupos las serpientes y culebras tales como la Boa, la Guardacamino y en algunas ocasiones Cascabeles.
