Las construcciones antiguas de la Quinta de San Pedro Alejandrino se encuentran pintadas de color amarillo ocre, entre ellas sobresale la Casa Principal; considerada como el sitio más importante de esta hacienda, pues en una de sus alcobas exhalo su último suspiro El Libertador Simón Bolívar.
Capilla u oratorio
Reposan en este oratorio, la imagen de San Pedro Alejandrino, traída de Cádiz (España) por el fundador de la hacienda Francisco de Godoy; y los restos del médico que asistió al Libertador en sus últimos días, el francés Alejandro Próspero Reverend.
Sala principal
En la Sala Principal de la Casa Quinta encontramos pinturas de los personajes de la historia de la hacienda: un óleo del Libertador del artista español Elizaran Txapartegi, en el vemos la apariencia de Simón Bolívar para el año de 1812. De igual forma se conserva un óleo, donde se plasma el ambiente campestre que tenía la hacienda a la llegada del Libertador Simón Bolívar en el año de 1830.
Biblioteca
Se conservan muebles de la época, algunos contienen libros de autores franceses, ingleses, griegos, españoles e italianos; grandes obras clásicas del siglo XVII, como El Emilio y el Contrato Social de Juan Jacobo Russeau, la Historia General de las Indias de Francisco López de Gomara y La Biblia.
Alcoba principal
En este recinto, donde falleció Simón Bolívar el 17 de diciembre de 1830, se conserva aún el reloj que marca la hora de su muerte, la cama donde falleció el Libertador y un sillón de terciopelo rojo, donde dictó su última proclama.
Cuarto de baño
Se conserva un mueble de baño donde se puede observar un aguamanil de porcelana, las tazas sanitarias, y en una esquina la tina de mármol blanco italiano de la casa. El Médico Alejandro Prospero Reverend expresa en sus memorias que el Libertador recibía un baño emoliente tibio para su mejoría, los primeros días de su permanencia en la hacienda.
Sala Bolivariana
Se conserva una escultura en mármol de Simón Bolívar que representa su estado físico al momento de su fallecimiento, además de dos obras con la imagen de sus padres, una fotografía de la famosa obra del artista Simón Celis que muestra su matrimonio con María Teresa Rodríguez (obra original en Venezuela) y un arbol genealógico de la familia Bolívar donado por el gobierno de Venezuela.
Sala de la Independencia
Un homenaje a nuestro proceso emancipador se rinde en la sala de Independencia: expone óleos de algunos próceres de la historia colombiana y venezolana; sobresaliendo héroes como Sebastian Francisco de Miranda, Antonio Nariñó, Policarpa Salavarrieta, Francisco José de Caldas, Francisco de Paula Santander, Antonio José de Sucre, entre otros.
Sala Centenario
En esta habitación se encuentran elementos utilizados en 1930 fecha en que se conmemoró el primer Centenario de la muerte de Bolívar.
Sala de Fumar
Este espacio originalmente era la sala de costuras, un espacio dedicado a Doña Isabel Rovira y Dávila, quien fue esposa de Don Joaquin de Mier y Benítez, propietario de la hacienda a la llegada del Libertador. Sin embargo, durante la estadía del General Simón Bolívar, el lugar fue adaptado como sala de fumadores, para que los generales evitasen fumar dentro de la alcoba del Libertador.
Comedor
Como parte del comedor de la casa, se puede hallar una mesa con extensiones, y una vajilla de porcela de Sèvres. Se mantienen dentro de una urna de cristal para prolongar su conservación.
Cocina
En la cocina se observa un horno de la época, las ollas en hierro fundido, un pilón y una piedra que utilizaban para moler las especies. Por alimentos el Medico Alejandro Prospero Reverend le suministraba a El Libertador las masas de sagú con vino, pollo y caldo.
Repostería
Era el lugar donde se elaboraban postres, se conservan el tinajero donde se depositaba el agua para el consumo, está compuesto por dos filtros y dos tinajas en barro. En este espacio le fue practicada la necropsia al Libertador, por el doctor Alejandro Próspero Reverend horas después del fallecimiento del General.
Caballeriza
La Casa Quinta cuenta con un patio central ambientado con plantas ornamentales propias de la región Caribe, que conduce a la Caballeriza, donde se conserva en una urna de vidrio el coche utilizado para trasladar a El Libertador desde la antigua Casa de la Aduana hasta la Quinta San Pedro Alejandrino.
